Trước khi lãnh đạo Vinalines, ông Dũng từng quản lý Tổng Công ty Xây dựng Đường thủy (Vinawaco) - một đơn vị từng thua lỗ nặng.

Dương Chí Dũng được bổ nhiệm chức Tổng giám đốc Vinalines từ tháng 8/2005. Đến tháng 7/2011, ông Dũng được bổ nhiệm giữ chức Chủ tịch Hội đồng quản trị tổng công ty này. Ông Dũng cũng là Ủy viên thường vụ Đảng ủy khối Doanh nghiệp Trung ương, Bí thư Đảng ủy Vinalines. Đầu tháng 2/2012, ông được Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 142 cho thôi giữ chức Chủ tịch HĐQT Vinalines để Bộ trưởng GTVT bổ nhiệm giữ chức Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam.

Những sai phạm

Cục Cảnh sát phòng chống tham nhũng đã phát hiện những sai phạm trong việc thực hiện lắp đặt ụ nổi thuộc dự án nhà máy sửa chữa tàu biển Vinalines phía nam. Tháng 2/2012, Cơ quan cảnh sát điều tra quyết định khởi tố bắt tạm giam 4 bị can có liên quan đến hành vi tham ô tài sản. Trong số này có Trần Hải Sơn - Tổng giám đốc Công ty TNHH sửa chữa tàu biển Vinalines.

Theo đó, các bị can này đã có dấu hiệu nâng giá vật tư, quyết toán khống trong việc sửa chữa ụ nổi để chiếm đoạt số tiền trên 2,5 tỷ đồng. Trong quá trình điều tra, Cục Cảnh sát phòng chống tham nhũng đã phát hiện có nhiều dấu hiệu sai phạm trong việc đầu tư dự án nói chung và mua sắm ụ nổi nói riêng. Theo điều tra của Cục Cảnh sát phòng chống tham nhũng, khi chưa được Thủ tướng phê duyệt thì ngày 27/6/2007, ông Dương Chí Dũng là Chủ tịch HĐQT Vinalines đã ký quyết định phê duyệt dự án nhà máy sửa chữa tàu biển tại tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu với tổng mức đầu tư 3.854 tỷ đồng. Tuy nhiên, dự án này sau đó đã bị đội lên thành 6.489 tỷ đồng. Tương tự, việc mua sắm ụ nổi cũng đã bị đội giá lên gấp đôi so với dự toán ban đầu. Theo tài liệu điều tra của phòng Nội vụ của Nga và bản khai nhân chứng được tòa công bố vào ngày 28/4/2014, công ty sở hữu ụ nổi 83M là Nakhodka thỏa thuận giá bán ụ nổi với Công ty môi giới AP (Singapore) chỉ là 2,3 triệu USD, trong khi Vinalines mua ụ cũ hết niên hạn sử dụng này với chi phí tổng cộng lên tới 9 triệu USD. Thêm tiền dắt về, sửa chữa khiến mức đầu tư đội giá thành 19 triệu.[3] Vinalines đã tự ý quyết định đầu tư khi chưa được Bộ Giao thông Vận tải cập nhật dự án vào quy hoạch và dự án này cũng chưa trình Thủ tướng Chính phủ xem xét quyết định theo tinh thần chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại văn bản số 4805/VPCN-CN ngày 31/8/2006.

Trong sự việc này, cơ quan cảnh sát điều tra xác định ông Trần Hữu Chiều, Phó tổng Giám đốc Vinalines là người đề nghị, ông Mai Xuân Phúc (Tổng Giám đốc thời điểm đó) trình, ông Dương Chí Dũng (Chủ tịch HĐQT) ký phê duyệt.[4] Các hành vi này được xác định là làm trái với ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, luật đầu tư, luật đấu thầu.[cần dẫn nguồn]

Quyết định bổ nhiệm

Dư luận và đại biểu Quốc hội đã đặt vấn đề về quy trình bổ nhiệm Dương Chí Dũng.[5] Dư luận cũng đặt vấn đề về trách nhiệm của thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng trong việc này, vì theo quy định là các Tổng công ty, Tập đoàn nhà nước trực thuộc quyền hạn của Thủ tướng, và vị trí Chủ tịch Hội đồng thành viên do chính Thủ tướng bổ nhiệm, điều động, và có một văn bản do Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng ký cho Dương Chí Dũng thôi giữ chức vụ Chủ tịch HĐTV Vinalines và cũng đề nghị Bộ trưởng Đinh La Thăng bổ nhiệm ông này làm Cục trưởng Cục Hàng hải.[6][7]

Theo như lời bộ trưởng bộ GTVT Đinh La Thăng thì "Trong ngành tất cả các đánh giá cán bộ cuối năm và hàng năm ông Dũng đều được nhận xét rất tốt." và " Thực tế đến trước khi có kết luận của Thanh tra Chính phủ, chúng tôi (bộ trưởng bộ GTVT Đinh La Thăng) hoàn toàn không nhận được bất kỳ thông tin gì từ thanh tra, công an hay đơn tố cáo ông Dũng.[8]

Theo Bộ Giao thông Vận tải Việt Nam, việc bổ nhiệm ông Dương Chí Dũng đã được sự thống nhất của tập thể Ban cán sự Đảng CSVN và lãnh đạo Bộ GTVT, thực hiện đúng nguyên tắc, đúng thẩm quyền, đúng trình tự thủ tục.

Quyết định truy nã

Ngày 18 tháng 5 năm 2012, sau khi ra quyết định khởi tố, Cơ quan Cảnh sát điều tra đã làm việc với Bộ GTVT, ngay sau đó Bộ này đã có quyết định đình chỉ công tác với ông Dương Chí Dũng"

Ngày 19 tháng 5 năm 2012, Cơ quan cảnh sát điều tra (Bộ Công an) đã ra quyết định truy nã đối với ông Dương Chí Dũng.[9]

Theo nhận định của Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an "đây là vụ án gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng cho nhà nước, có tính chất phức tạp, gây nhức nhối trong quần chúng nhân dân, làm ảnh hưởng đến uy tín của chính phủ Việt Nam".[10]

Theo báo Công an nhân dân, ngày 21 tháng 6 năm 2012, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an cho biết đã đề nghị truy nã quốc tế ông Dũng và được Ban Tổng thư ký tổ chức Interpol đồng ý. Bộ Công an đề nghị nơi nào bắt được ông Dũng, thông báo ngay cho Interpol Hà Nội và Ban Tổng thư ký tổ chức Interpol.